Tempoh 2004-2009

Ketika menjadi ahli DPR RI pada tempoh 2004-2009, Ganjar Pranowo ditugaskan di Suruhanjaya IV yang mengawasi bidang Pertanian, Ladang, Perhutanan, Kelautan, Perikanan, dan Pangan. Selain itu, ia pernah ditempatkan pada Pansus (Panitia Khusus) RUU Parti Politik sebagai ketua panitia khusus, ahli Badan Legislasi DPR RI, dan Ketua Panitia Khusus tentang MPR, DPR, DPD dan DPRD di DPR RI.[27][28]

Pada tempoh ini Ganjar menarik pemberitaan media kerana dirinya pernah masuk Kabinet Menteri Bayangan yang digagas Campuran Muda Parlimen Indonesia pada Oktober 2007. Kedudukannya cukup mentereng: Menteri Hukum dan ASASI Bayangan. Akan tetapi, Ganjar enggan menanggapinya serius. “Menurut saya, itu guyonan politik sahaja,” katanya yang semasa itu berkhidmat sebagai Setiausaha Fraksi PDIP di DPR RI.[29]

Selain itu, pada April 2008 nama Ganjar disenaraikan dalam salinan dokumen yang merungkai aliran dana Bank Indonesia kepada para legislator Senayan. Dokumen tersebut dianggap merungkai modus bagaimana bank sentral bermain-main anggaran menyervis ahli dewan. Sehingga lima lembaga non kerajaan melaporkannya ke KPK. Ganjar (semasa itu sebagai ahli DPR) disebut dalam dokumen tersebut dengan tulisan Ganjar Prastowo. Ganjar membenarkan yang dimaksudkan Ganjar Prastowo dalam dokumen tersebut ialah dirinya dan mengatakan semasa itu dia diundang ke luar negeri oleh BI. Jika lawatan itu dinilai haram, Ganjar siap mengembalikan wang yang diterimanya. BI pun mengakui otentisitas dokumen tersebut.[30]

Tempoh 2009-2013

Ia terpilih lagi menjadi Ahli DPR RI dari Fraksi PDI Perjuangan dari daerah pemilihan yang sama (Jawa Tengah 7 (Kabupaten Kebumen, Purbalingga, dan Banjarnegara)) dan ditempatkan pada Suruhanjaya II yang mengawasi bidang Pemerintahan Dalam Negeri, Autonomi Daerah, Aparatur Negara, Reformasi Birokrasi, Pemilu, Pertanahan, dan Reformasi Agraria. Pada tempoh ini, ia semakin dikenal awam kerana menjadi ahli Panitia Khusus Hak Angket Bank Century sekali gus menjadi Timbalan Ketua Suruhanjaya II DPR RI.

Di tengah kesibukannya sebagai Ahli DPR RI, Ia sempat menyelesaikan pengajian pascasarjananya di Fakulti Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Universiti Indonesia pada tahun 2013. Ganjar dinyatakan lulus selepas menjalani ujian tesis yang mengupas isu independensi dalam perbahasan semakan UU Nombor 22 Tahun 2007 tentang Penganjur Pemilu dengan judul "Sikap F-PAN, F Parti Demokrat dan Kerajaan Terhadap Isu Independensi KPU Dalam Perbahasan Semakan UU Nombor 22 Tahun 2007 tentang Penganjuran Pemilu". Bahan kajiannya ialah sikap Fraksi Parti Demokrat, Fraksi Parti Amanat Kebangsaan dan Kerajaan Indonesia dalam isu independensi KPU. Pensyarah pengujinya antara lain Prof (Penyelidikan) Syamsuddin Haris dan Valina Singka Subekti. Ia tercatat sebagai pelajar siswazah di FISIP UI sejak tahun 2009 dan terpaksa cuti kerana kesibukannya sebagai politik.[31][32]

Kes Rasuah E-KTP

Muhammad Nazaruddin selaku bekas Bendahara Umum Parti Demokrat menjadi saksi di sidang lanjutan perkara rasuah e-KTP. Dalam kesaksiannya dia dicecar soal kucuran dana ke Ganjar Pranowo. Kepada hakim, Nazar berkeyakinan bahawa Ganjar yang kini berkhidmat Gabenor Jawa Tengah, menerima wang dalam projek perolehan Kad Tanda Penduduk berbasis elektronik (e-KTP). Malah dia mengaku melihat sendiri penyerahan wang kepada Ganjar yang semasa itu berkhidmat Timbalan Ketua Suruhanjaya II DPR. "Semua yang saya sampaikan itu benar, Yang Mulia," ucap Nazar kepada majlis hakim yang dipimpin Jhon Halasan Butar Butar, Isnin (20/11).[33]